宝可梦的技能主要分为宝可梦自身学习和技能机器（TM）学习两种途径。宝可梦等级提升会自动学会特定招式，这些招式与其种族、特性和进化阶段密切相关。技能机器则是通过探索游戏世界或完成任务获得，它们能让宝可梦习得通常无法通过升级掌握的强力技能，例如精神破坏等特殊攻击招式。玩家需要通过探索地图、挑战道馆或与其他训练师对战来收集这些技能机器。
火红版中存在多种属性技能，例如火系的火焰喷射、水系的水之波动、电系的十万伏特等。不同属性的技能存在相互克制关系，合理搭配技能可以显著提升战斗效率。部分技能如居合斩、闪光、冲浪等属于秘传技能（HM），除战斗外还用于解开地图障碍，这类技能通常通过剧情推进或特殊NPC赠送获得。HM技能一旦学习便无法遗忘，需前往特定地点删除。
技能效果与宝可梦个体能力值直接相关。物理攻击型宝可梦适合学习百万吨拳击等接触类技能，而特殊攻击型则更适合精神干扰等远程招式。变化类技能如剧毒、放晴等不造成直接伤害，但能改变战场环境或施加异常状态。战斗时应根据对手属性选择克制技能，例如面对岩石系馆主小刚时，水系技能可对其阵容造成显著伤害。
神兽级宝可梦往往拥有专属技能，如急冻鸟的急冻光线、闪电鸟的雷电等。这些技能通常威力强大且附带特殊效果，但获取难度较高。部分隐藏技能需要通过特殊事件解锁，例如在月见山获得的化石复活后，化石翼龙可学会原始之力等远古技能。技能搭配需考虑队伍整体平衡，过度侧重攻击可能降低生存能力。
后期可通过技能教学者学习隐藏招式，这类NPC分散在世界各地，例如常磐森林教授连续切的老者。技能选择还需考虑PP值与命中率，高威力技能往往伴随低PP或命中惩罚。合理利用技能机重置机制能优化技能组合，某些城市提供忘记技能服务，允许替换已学技能。对战设施中的NPC有时会使用非常规技能组合，这为玩家提供了技能搭配的参考。
宝可梦的技能池深度直接影响战术多样性。火红版保留了系列经典的技能体系，同时通过技能机器扩展了培养自由度。建议在游戏过程中定期整理技能列表，及时淘汰低效技能。最终队伍的技能配置应兼顾属性覆盖、功能性和战斗节奏，这是成为冠军训练师的关键要素。
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